Mediante el juicio de amparo o también llamado de garantías, la Defensoría Pública busca que las autoridades federales protejan los derechos humanos y las garantías fundamentales de los adolescentes en conflicto con la ley. Es un juicio que se inicia cuando se considera que las autoridades que conocen de los procedimientos en lo que están relacionados los adolescentes, han violado en su perjuicio los derechos y garantías reconocidos en la Constitución Política de los Estados Unidos Mexicanos. El trámite de la demanda de Amparo se inicia con la elaboración por parte de la Defensoría Pública de un escrito en donde se expresa quien o quienes son las autoridades a quienes se les atribuye haber emitido el acto que afectó los derechos fundamentales de los adolescentes, en qué consisten en específico esos actos, cuando fue notificado el acto que se reclama y porque se considera que se afectaron ilegalmente los intereses de los adolescentes. El juicio de amparo se puede presentar en dos formas, el denominado directo que se promueve en contra de las resoluciones definitivas emitidas por Salas en Justicia para Adolescentes al resolver el recurso de apelación que se interpuso en contra de las sentencias definitivas que dictaron los juzgados de adolescentes; en tanto que el amparo denominado indirecto se promueve en contra de cualquier otro tipo de resoluciones que no pongan fin al procedimiento. Las autoridades que resolverán sobre las demandas de amparo son los Juzgados de Distrito cuando se trate del indirecto y los Tribunales Colegiados de Circuito si se trata de un amparo directo. El plazo para resolver las demandas de amparo es variable y es establecido por las autoridades mencionadas anteriormente, dependiendo de la carga de trabajo que tengan.